İnsanların birlerce yıl boyunca yerleşik olarak yaşadıkları Bodrum, inanılmayacak kadar zengin bir geçmişe sahiptir. Birçok büyük uygarlığın ve tarihi olayların içinde veya yakınlarında oluşmuş olması, Halikarnas’ı (Bodrum’un eski adı) tarihçiler için önemli bir yer konumuna getirmiştir. Bodrum hakkındaki tüm bilgilerin tek bir kaynaktan elde edilmesi olanaksız gibidir; bu nedenle aşağıdaki bilgiler birçok kaynaktan derlenmiştir.
Bu bölgede yapısal izler bırakan ilk yerleşim yeri; Aziz Peter (St. Peter) kalesinin bulunduğu şimdiki küçük kayalık adaydı. (O zamanlar kale tamamen suyla çevriliydi). St. John şövalyeleri kendi kalelerini inşa etmeye geldiklerinde, M.Ö. 1100’lerde Dorlar tarafından yapılmış daha eski bir kalenin kalıntılarıyla karşılaşmışlardı.
M.Ö. 5’ci yüzyılda yaşamış olan ve “Tarihin Babası” olarak tanınan Herodot, Halikarnas’ta doğmuştur. Herodot, Dorlar’ın, Peleponez’in doğu kıyılarında Trözen’den geldiğini yazmıştır. Dorlar, yeni adalarına Zefiriya, yerleştikleri bölgeye de Zefiriyu m adını verdiler.
Tarihçiler, Harikarnas’ın temellerinin nereye dayandığı hakkında çok az bilgiye sahiptirler. Halikarnas hakkındaki ilk bilgiler M.Ö. 7.y.y.’a dayanır. Halikarnas, Heksapolis-Dor Konfederasyonu’na bağlı altı üyeden biriydi. Ayrıca karada Knidos şehri, Kos adası ve Rodos üzerindeki üç şehir de bu üyeler arasındaydı.
Bu şehirleri kurmak, oraya sonradan gelerek çevreyi önceki sakinleriyle paylaşmak zorunda kalan Dorlar için hiç de kolay değildi. Karyalılar olarak bilinen bölge yerlilerinin yoğun ve şiddetli saldırılarından kendilerini korumak zorundaydılar. Homeros “İliyada”sında Karyalılar’dan “dil barbarları” diye söz etmiştir. (Bununla birlikte, bir çok dilbilimci, Bodrum’un da içinde bulunduğu bölgedeki lehçenin Türkiye’nin batısındaki en kaba lehçe olduğunu belirtmiştir). Eski tarihçiler, Karyalıların Yunanlılar’a miğferlerinin üzer indeki sorgucu nasıl takacaklarını ve önceleri omuz hizasına savrularak kullanılmakta olan kalkan kabzasını nasıl kullanacaklarını öğrettiklerini yazmışlardır.
Bir Yunanlı’nın Salmakis’te han açmasıyla (bu han günümüzde, Bodrum limanının batısında, şi mdiki Bardakçı Koyu’nun suları altında kalmıştır) Dorlar ve Karyalılar bölgeyi birlikte yönetir duruma gelmişlerdi; hatta Karyalılar zamanla kolonidekilere oranla daha düzenli bir yaşantı kurdular. Her iki ırk da barış içerisinde yaşamağa başladı ve karşılıklı ticari ilişkilere de girişildi.
Salmakis pınarının bir çok rahatlatıcı özellikleri olduğu rivayet edilmiştir. Bir başka rivayet de, içimi mükemmel olan bu suyun erkekleri yumuşattığı, efemineleştirdiği, hatta bazı durumlarda iktidarsızlaştırdığı hakkındadır. Bu iddialar sonucunda da Hermafrodit efsanesi doğmuştur.
Rivayete göre, güzellik Tanrıçası Afrodit’in delikanlılık çağındaki oğlu bir gün çeşmeden akan suyun oluşturduğu bir gölde yüzer. Gölün perisi Salmakis, ona aşık olur ve tanrılara tek bir vücutta yaşayabilmeleri için yalvarır. Dileği kabul edilir; tanrılar da ya rı erkek, yarı kadından oluşan Hermafrodit’i yaratırlar.
Herodot, Halikarnas’ın çevresinde İyonyalı denilen bir grup yerli halkın giderek çoğaldığını, hatta iki halkın içiçe yaşadıklarını yazmıştır. Bu durum Heksapolis’in diğer sakinlerinin pek hoşuna gitmemiş ve bir Halikarnaslı’nın yanlış bir davranışı, Halikarnas’ın ittifaktan kovulmasına zemin hazırlamıştır.
Apollo’nun onuruna her yıl düzenlenen Tropium’daki oyunlara altı şehir de katılır. Bir yıl, Agasides adındaki bir Halikarnaslı bronz madalyayı kazandığında, törelere uyup, ödülü Apollo’ya adamak yerine, evindeki duvara asınca, diğer Dor şehirlerini öfkelendirmiş ve Halikarnas’la ilişkilerini kesmeleri için onlara yeterli nedeni sağlamış oldu.
M.Ö. 5’ci y.y.’da Halikarnas tamamiyle bir İyon şehri görünümündeydi. Herodot ve amcası Panyasis o sıralarda eserlerini =4
13.y.y. sonlarına doğru, Karya olarak bilinen bölge Menteşe Beyliği’nin eyaletlerinden biri oldu ve 1392’de Sultan Bayezit tarafından Osmanlı İmparatorluğu’na katıldı. Bu sırada Aziz John şövalyelerinin kalesi Simirna’daydı (bugünkü İzmir). Moğol lideri Timurlenk 1402’de burayı harabetti; onlar da, Türk Sultanı Mehmet Çelebi’de n, yerine yeni toprak talep ettiler. Şövalyelere Halikarnas verildi. Burada yeni bir kale inşa ettiler ve bu eyaleti (buraya Mesi derlerdi) yüzyıldan fazla denetlediler.
1523’de, tüm sultanların en büyüğü Kanuni Sultan Süleyman, şövalyeleri topraklarından kovdu. Osmanlı İmparatorluğu Sultan Süleyman’ın 40 yıllık hükümdarlığı boyunca doruğa yükseldi, fakat bunu uzun süren iç krizler ve düşüş dönemleri takip etti.
Bodrum 1770’de Rus donanması tarafından top ateşine tutuldu ve 1824’deki Yunan ayaklanmasında da Türk Donanma Üssü olarak kullanıldı. Birinci Dünya Savaşı sırasında “Duplex” adlı Fransız savaş gemisi Bodrum’u ateşe tutarak, karaya yanaşmak istedi, ancak halk onları engelledi. Osmanlı İmparatorluğu, Bodrum’u İtalyanlara kaptırdı ve İtalyanlar 1919’da burayı işgal ettiler. Türk Kurtuluş Savaşı’nın kaçınılmaz zaferi sırasında, İtalyanlar 1922’de burad an sürüldü ve Bodrum, olağanüstü güzellikteki doğal çevresinden dolayı, dinlence yeri ve yaşamın tadı çıkarılan bir belde oldu.